腐乳和豆豉以及其他豆制品一样，都是营养学家所大力推崇的健康食品。它的原料——豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15%～20%，与肉类相当，同时含有丰富的钙质。腐乳的制作过程中经过了霉菌的发酵，使蛋白质的消化吸收率更高，维生素含量更丰富。因为微生物分解了豆类中的植酸，使得大豆中原本吸收率很低的铁、锌等矿物质更容易被人体吸收。同时，由于微生物合成了一般植物性食品所没有的12，素食的人经常吃些腐乳，可以预防恶性贫血。

腐乳营养价值比奶酪要好，奶酪作为动物性的发酵蛋白食品，所含的脂肪和都很高，但大豆尤其是豆腐里含有优质蛋白，可有效降低血清中的，还可保护心血管。食物能达到这种效果的很少。因此，腐乳作为植物性的发酵蛋白食品，被称作“东方奶酪"。